تا سال 1401 نحوه محاسبه مالیات حقوق بر درآمد کارکنان به این صورت بود که محاسبات مالیات توسط مودی انجام و به سامانه مالیات حقوق ارائه می‌شد. مبالغ محاسبه شده در زمان رسیدگی مالیاتی مجددا توسط سازمان امور مالیاتی بررسی و چنانچه مغایرتی وجود داشت، مبلغ مابه‌التفاوت به انضمام جرائم آن از مودی اخذ می‌گردید.
در سال 1402 این روند تغییر کرد و رویه جدید ایجاد شد. پس از ارسال لیست حقوق توسط مودی در این سامانه، چنانچه محاسبه‌های سیستمی با محاسبات انجام شده توسط مودی مغایرتی داشت مبلغ به عنوان مبلغ مابه‌التفاوت در سامانه نمایش داده می‌شد. اما این وضعیت در سال 1403 به کلی تغییر کرد.
طبق بند 3 از بخش (ث) تبصره 15 قانون بودجه سال 1403 پرداخت کنندگان حقوق قبل از پرداخت یا تخصیص آن، مکلف به ارسال لیست‌های حقوق (موضوع ماده 86 قانون مالیات های مستقیم) جهت محاسبه و تعیین مبلغ مالیات متعلق در سامانه مالیات بر درآمد حقوق هستند.
همچنین در ادامه این بند به این موضوع اشاره شده است که از تاریخ اعلام میزان مالیات مربوط به هر کارفرما در سامانه، حداکثر تا پایان مهلت مقرر در ماده (۸۶) قانون مذکور، پرداخت‌کننده حقوق باید نسبت به کسر و پرداخت مالیات اعلامی اقدام کند. رعایت ترتیبات مذکور در حکم انجام تکالیف موضوع ماده (۸۶) قانون مالیات‌های مستقیم، از حیث تسلیم فهرست، محاسبه و کسر مالیات متعلق است.
بنابراین با توجه به تبصره فوق وظیفه محاسبه مالیات حقوق به عهده مودی نیست و صرفا وظیفه کسر و پرداخت این مبلغ به سازمان توسط مودی انجام می شود. از مهم‌ترین دلایلی این تغییر می توان به موارد ذیل اشاره کرد:
- چنانچه حقوق بگیر در چند جا مشغول به کار باشد، کارفرما از اطلاعات حقوق او در محل خدمت های دیگر مطلع نیست و این موضوع باعث انحراف در محاسبات مالیات حقوق وی خواهد شد.
- برخی از مودیان مبالغ مالیات حقوق را به طور سلیقه ای محاسبه می کردند که تا زمان رسیدی مالیاتی مبلغ کمتری پرداخت کنند و ما به التفاوت مبلغ را در زمان طولانی تری بپردازند.
- با اعمال روش جدید محاسبات حقوق عملا رسیدگی مالیاتی به بحث مالیات حقوق از نوع رسیدگی تطبیقی خواهد بود که مودی مبالغ حقوق را در لیست های اعلامی خود به سازمان درست اعلام کرده یا نه ، و عملا بحث رسیدگی بابت بررسی محاسبه مالیات بر درآمد حقوق منتفی خواهد بود.
بدون دیدگاه